Phân tích kiểu hình nội hàm cao ngày càng được sử dụng rộng rãi trong nhiều lĩnh vực nghiên cứu, bao gồm nghiên cứu chức năng gen, nghiên cứu dược phẩm và độc tính học. Ưu điểm của phương pháp này là thu thập thông tin đa chiều rất khách quan từ một mức độ nhỏ, có thể phân tích và mô tả trạng thái của từng tế bào và so sánh với dữ liệu phân tích tổng thể. Nhiều phân tích kiểu hình truyền thống là trong con đường nghiên cứu, chỉ chọn một số ít các chỉ số quan trọng để phân tích.