Các phương pháp phân tích kiểu hình dựa trên hình ảnh, chẳng hạn như phân tích Cell Painting được sử dụng rộng rãi, nghiên cứu các xáo trộn sinh học, di truyền và hóa học trong tế bào bằng cách sử dụng hình ảnh có ý nghĩa cao và đầu ra đa thông số. Cách tiếp cận ngày càng phổ biến này đang được áp dụng cho mọi thứ từ các dự án khám phá thuốc đến nghiên cứu sàng lọc bộ gen. Trong thí nghiệm Cell Painting tiêu chuẩn, các cơ quan và cấu trúc tế bào khác nhau (nhân, tế bào chất, ty thể, Golgi, mạng nội chất, bộ xương tế bào, RNA tế bào chất và nhân) được thu thập trong 5 kênh hình ảnh. Việc nhuộm tế bào rộng rãi này cho phép theo dõi và định lượng nhiều hình thức nhiễu loạn ở độ phân giải đơn bào. Những hạn chế của phân tích Cell Painting được công bố bao gồm sự thu hẹp của thuốc nhuộm phù hợp và hệ thống hình ảnh cung cấp khả năng tách quang phổ đầy đủ. Cụ thể, Golgi và actin được hình ảnh thông qua cùng một kênh, đặt ra thách thức trong việc phân biệt hai cấu trúc này trong phân tích hình ảnh. Hạn chế này có thể can thiệp vào việc lựa chọn hit hoặc che giấu tác dụng của một số hợp chất, đặc biệt là những hợp chất có cơ chế hoạt động (MOA) ảnh hưởng đến Golgi (con đường sinh tổng hợp) hoặc mạng lưới bộ xương tế bào.