Dịch vụ kỹ thuật Ribo-seq

Dịch vụ kỹ thuật Ribo-seq

Nguyên tắc kỹ thuật

Protein là người chịu trách nhiệm chính cho hoạt động của sự sống, điều khiển phiên dịch lại là phương thức điều khiển quan trọng trong tế bào. Dịch thuật là quá trình ribosome đọc mẫu mRNA để hướng dẫn quá trình tổng hợp protein và là một bước quan trọng trong biểu hiện gen. Quá trình phiên dịch được điều tiết nghiêm ngặt, rất nhiều bệnh liên quan đến phiên dịch bất thường, ví dụ như bệnh thoái hóa thần kinh, thiếu máu và rối loạn phát triển. Tuy rằng kết cấu và chức năng của ribosome được nghiên cứu tương đối thấu triệt, nhưng đối với cơ chế điều khiển quá trình phiên dịch còn cần nghiên cứu sâu hơn.

Giải trình tự dấu vết ribosome (Ribosome profiling)Ribo-seq) Có thể kiểm tra chi tiết trạng thái phiên dịch trong cơ thể.Ribo-seqCốt lõi của công nghệ là xác định mRNA liên kết với ribosome và khoảng 30 nucleotide đang được dịch. Việc giải trình tự các đoạn mRNA liên kết ribosome cho phép ghi lại chính xác vị trí của ribosome trong quá trình dịch. Nhóm phiên mã vớiRibo-seqPhân tích kết hợp dữ liệu có thể tính toán tốc độ tổng hợp protein.

đặc điểm kỹ thuật

Ribo-seqNó có thể tiết lộ thời gian, địa điểm, vị trí của quá trình tổng hợp protein, protein nào đang được tổng hợp và cơ chế điều tiết của quá trình tổng hợp protein.Ribo-seqCầu nối giữa transcriptome và proteomics đã được xây dựng và đã được sử dụng rộng rãi trong nghiên cứu động vật, thực vật và vi sinh vật để tiết lộ các cơ chế điều tiết cho sự tăng trưởng và phát triển, xây dựng hình thái, sự xuất hiện của bệnh tật, phản ứng với nghịch cảnh căng thẳng.

Hướng ứng dụng

Ribo-seqÁp dụng để nghiên cứu hoạt động dịch thuật của bản sao, xác định vị trí bắt đầu dịch thuật, vị trí ORF và cơ chế điều chỉnh dịch thuật của protein.

Ribo-seqCông nghệ đã được sử dụng rộng rãi trong nghiên cứu động vật, thực vật và vi sinh vật để khám phá các cơ chế điều tiết cho sự tăng trưởng và phát triển, xây dựng hình thái, sự xuất hiện của bệnh tật và phản ứng với nghịch cảnh. Tóm lại,Ribo-seqNó có thể phát hiện tình trạng dịch mã của protein ở cấp độ bộ gen, lấy thông tin trình tự mRNA đang được dịch và phân tích cơ chế điều tiết dịch thuật.

Ưu điểm của Blueview

Chu kỳ thử nghiệm nhanh, chất lượng cao, kết quả ổn định và đáng tin cậy.

Kinh nghiệm phong phú về các loài

Dịch vụ kỹ thuật Ribo-seqQuy trình thử nghiệm

Phân tích nội dung

Phân tích thư sinh viên tiêu chuẩn

(1) Lọc dữ liệu thô và đánh giá chất lượng giải trình tự

(2) Loại bỏ RNA ribosome, tRNA, sRNA, v.v.

(3) Thống kê phân phối chiều dài Reads và lọc chiều dài

(4) So sánh bộ gen tham chiếu

(5) Giải trình tự phân tích độ bão hòa

B5-05=giá trị thông số Kd, (cài 2)

(7) Phân tích nhịp điệu tribase

B5-03=giá trị thông số Ki, (cài 3)

(9) Phân tích mối quan hệ mẫu

B5-03=giá trị thông số Ki, (cài 3)

(11) Phân tích làm giàu chức năng GO và KEGG của gen dịch khác biệt

Ribo-seqPhân tích kết hợp với RNA-seq

(1) Tính toán hiệu quả dịch

Phân tích mối tương quan giữa Ribo-seq và RNA-seq

(3) Phân tích mối liên hệ giữa hiệu quả dịch thuật và mức độ phiên mã

Quy trình phân tích

Trường hợp thử nghiệm

Yêu cầu gửi mẫu

(1) Mẫu tế bào: Đề nghị gửi mẫu 5 × 106-1 × 107.

(2) Mẫu mô động vật: Mẫu khuyến nghị ≥300 mg.

(3) Mẫu mô thực vật: Mẫu khuyến nghị ≥500 mg.

Nhóm mẫu

Ít nhất 2 nhóm mẫu, bao gồm cả nhóm kiểm soát và nhóm thử nghiệm, số lượng mẫu được đề xuất: 3 Vs 3.

Tài liệu tham khảo

BrarGA,của WeissmanJS. Ribosome profiling tiết lộ những gì, khi nào, ở đâu và làm thế nào của tổng hợp protein. Nat Rev Mol Cell Biol. 2015. 16(11):651-664.

ChongC, Coukos G, Bassani-Sternberg M. Xác định kháng nguyên khối u với immunopeptidomics. Nat Biotechnol. 2022. 40(2):175-188.

FreminBJ, Nicolaou C, Bhatt AS. Xác định cấu hình ribosome đồng thời của hàng trăm vi khuẩn từ vi khuẩn con người. Nat Protoc. 2021. 16(10):4676-4691.

IngoliaNT, Brar GA, Rouskin S, McGeachy AM, Weissman JS. Chiến lược phân tích cấu hình ribosome để theo dõi dịch in vivo bằng trình tự sâu của các mảnh mRNA được bảo vệ bởi ribosome. Nat Protoc. 2012. 7(8):1534-1550.

IngoliaNT, Ghaemmaghami S, Newman JR, Weissman JS. Phân tích toàn bộ gen in vivo của dịch với độ phân giải nucleotide bằng cách sử dụng hồ sơ ribosome. Khoa học. 2009. 324(5924):218-223.

JuntawongP, Girke T, Bazin J, Bailey-Serres J. Động lực chuyển hóa được tiết lộ bằng hồ sơ toàn bộ bộ gen của dấu chân ribosome ở Arabidopsis. Proc Natl Acad Sci U.S.A. 2014. 111(1):E203-212.

SawyerEB, Cortes T. Ribosome profiling tăng cường sự hiểu biết về dịch vi khuẩn. Microbiol phía trước. 2022. 13:976550.

Xiang Y, Huang W, Tan L, Chen T, He Y, Irving PS, Weeks KM, Zhang QC, Dong X. Các pin tóc RNA hạ lưu phổ biến định nghĩa động sự lựa chọn codon bắt đầu. Thiên nhiên. 2023. 621(7978):423-430.

Xu G, Greene GH, Yoo H, Liu L, Marqués J, Motley J, Dong X. Lập trình lại dịch toàn cầu là một lớp cơ bản của điều chỉnh miễn dịch ở thực vật. Thiên nhiên. 2017. 545(7655):487-490.