Phasing genetic phase thư viện - Samplix đơn bào phân tích

Phân tích tế bào đơn Samplix là một công cụ linh hoạt và thân thiện với người dùng để chuẩn bị các tế bào động vật có vú hoặc vi sinh vật sống, bào quan, DNA hoặc các vật liệu sinh học khác để phân tích hạ lưu độ phân giải cao. Có thể đạt được phân tử đơn, tế bào, bào quan, đóng gói hạt nano và phân loại thông lượng cao. Việc đóng gói DNA cho phép sàng lọc các nhóm gen lớn và phức tạp với tốc độ của qian suo wei you.

Công cụ chuẩn bị thư viện gen Hi-Fi

Phasing genetic phase thư viện - Samplix đơn bào phân tích: Hệ thống đóng gói và phân loại giọt nhũ tương đơn bào, phân tử đơn, hạt nano thông lượng cao

wei yiCó thể đạt được phân tử đơn, tế bào, bào quan, đóng gói hạt nano và phân loại thông lượng cao. Việc đóng gói DNA cho phép sàng lọc các nhóm gen lớn và phức tạp với tốc độ của qian suo wei you.

XdropLoại chuẩn bị

Phasing genetic phase thư viện - Samplix đơn bào phân tíchLà một công cụ đa chức năng và thân thiện với người dùng để chuẩn bị các tế bào động vật có vú hoặc vi sinh vật sống, bào quan, DNA hoặc các vật liệu sinh học khác để phân tích hạ lưu độ phân giải cao.

Sử dụng bộ dụng cụ Xdrop của chúng tôi, Xdrop đóng gói một cách an toàn và nhanh chóng các tế bào sống, bào quan hoặc các mảnh DNA cùng với các hóa chất xác định trong các giọt nhũ tương kép có khối lượng da rất ổn định. Những giọt này ổn định thông qua pipet, xoáy, ủ, tế bào dòng chảy, phân loại và thậm chí lưu trữ lâu dài. Hơn nữa, các tế bào có thể được thu hồi từ các giọt để khuếch đại.

Cùng với các kỹ thuật phân tích thích hợp, các ứng dụng Xdrop bao gồm:

1 tế bào miễn dịch của cơ thể, tế bào NK

2 Tiết enzyme của tế bào vi sinh vật

3 Tế bào động vật có vú tiết ra cytokine

4 Xác minh chỉnh sửa gen, bao gồm đánh giá bất ngờ trong việc nhắm mục tiêu và sắp xếp lại mục tiêu

Với Xdrop, các nhà nghiên cứu có thể dễ dàng hiểu sâu hơn về chức năng tế bào và bộ gen của con người, động vật, thực vật và vi sinh vật. Xdrop cũng có thể tạo ra các giọt nhũ tương đơn cho các quy trình làm việc khác, bao gồm đóng gói DNA để khuếch đại toàn bộ bộ gen không bị lệch. Chúng tôi cung cấp đầy đủ các đại lý, bộ dụng cụ và phụ kiện cần thiết cho Xdrop. Ngoài ra, đào tạo người dùng là một phần của dịch vụ cài đặt Xdrop tiêu chuẩn của chúng tôi.

lợi thế

1 Xdrop có thể bọc các tế bào động vật có vú hoặc vi sinh vật sống trong các giọt sữa đôi ổn định cao để xác định chức năng, ủ, phân tích kiểu hình và sàng lọc.

Xdrop giúp trả lời các câu hỏi quan trọng trong nghiên cứu tế bào và liệu pháp gen được thiết kế.

Xdrop hỗ trợ các quy trình công việc kỹ thuật phân tử, bao gồm tiến hóa enzyme và kỹ thuật con đường.

4 Xdrop có giao diện thân thiện với người dùng và dấu chân nhỏ hơn, cho phép mọi phòng thí nghiệm sinh học phân tử sử dụng * chức năng của vi chất lỏng.

Bộ dụng cụ nhũ tương hai lớp

Tất cả các tác nhân được chứa trong bộ dụng cụ và có thể đóng gói hàng triệu tế bào hoặc phân tử cho mỗi thao tác.

Xdrop sắp xếpChuẩn bị tùy chọn

Thành viên mới của gia đình Xdrop này có thể tạo và phân loại các giọt nhũ tương kép trong quy trình làm việc thân thiện với người dùng mà không cần bất kỳ kinh nghiệm phân loại tế bào dựa trên huỳnh quang nào.

Quy trình làm việc bắt đầu bằng việc thu giữ 100 kb đoạn DNA, đơn bào nhỏ hoặc các vật liệu sinh học khác trong các giọt có độ ổn định cao để xác định các xét nghiệm như PCR và đánh giá hoạt động của enzyme. Các giọt sau đó được phân loại dựa trên sự hiện diện của huỳnh quang vật chất trong chúng để chỉ lấy mẫu quan tâm để phân tích hạ lưu độ phân giải cao, chẳng hạn như:

Xác minh chỉnh sửa CRISPR không che giấu độ lệch PCR vô tình sắp xếp lại

Xác định các vị trí tích hợp virus và GMO

Đánh giá hoạt động của enzyme ở cấp độ đơn bào

Thực hiện sàng lọc GFP thông lượng cao

Ưu điểm:

· Khả năng làm giàu các mảnh dài có mục tiêu

· Độ nhạy cao - phát hiện phân tử đơn

· Duy trì tính nội tại của DNA

· Hầu như không cần kiến thức chuỗi trước

· Tương thích với giải trình tự PacBio, Nanopore và Illumina

· Dễ dàng thiết lập thông qua hệ thống microfluid tự động

· Giảm thời gian quay vòng từ vài tuần xuống còn vài ngày

Ứng dụng:

· Thay đổi cấu trúc

· Các mẫu phức tạp (ví dụ như sinh thiết ung thư)

Các khu vực khó giải trình tự (ví dụ: giàu GC)

· Khoảng cách gen đóng

· Định pha di truyền/kiểu gen/kiểu đơn bội

· Liên kết gen kháng với vật chủ

· Giải trình tự các khu vực ít phong phú

· Đánh giá các khu vực lặp lại

· Các mẫu chỉ chứa DNA của Nack

tài liệu bổ trợ

1, Hộp mực DE50 - được sử dụng để bọc các tế bào động vật có vú trong các giọt sữa đôi

Các giọt sữa đôi có độ ổn định cao~100 lít được tạo ra để đóng gói các tế bào động vật có vú, chuyển đổi các tế bào lớn thành xét nghiệm đơn bào. Quy trình làm việc với Xdrop DE50 Cartridge bao gồm bài tiết cytokine và xác định tiêu diệt tế bào. Đơn giản chỉ cần tải thuốc thử và mẫu, đặt bộ dụng cụ vào Xdrop và chạy chương trình.

8 mẫu chạy đồng thời hoặc riêng lẻ

Mỗi làn bơi tạo ra tới 500.000 giọt trong 8 phút trong môi trường nuôi cấy CO 2 được ủ bằng tế bào

Khôi phục ô đã chọn để mở rộng

Hộp mực DE20 - được sử dụng để bọc các tế bào vi sinh vật, bào quan hoặc các mảnh DNA dài trong các giọt sữa đôi

Sử dụng các cột nhỏ Xdrop DE20 độc lập để tạo ra các giọt nhũ tương kép ổn định cao khoảng 1,5 lít để đóng gói hàng triệu tế bào vi sinh vật, bào quan hoặc DNA. Mỗi giọt hoạt động như một ngăn để xác định độ phân giải tế bào đơn hoặc làm giàu đích DNA. Đơn giản chỉ cần tải thuốc thử và mẫu, đặt bộ dụng cụ vào Xdrop hoặc Xdrop Sort và chạy chương trình.

8 mẫu chạy đồng thời hoặc riêng lẻ

Mỗi làn bơi tạo ra tới 10 triệu giọt trong 45 phút, được ủ bằng tế bào trong môi trường nuôi cấy CO 2.

Khôi phục các ô đã chọn để mở rộng quy trình làm việc đảm bảo không bị ô nhiễm

Hộp phân loại DE20 - để phân loại các giọt sữa đôi có chứa DNA hoặc các tế bào nhỏ

Các giọt nhũ tương kép có chứa DNA huỳnh quang hoặc các tế bào nhỏ được phân loại bằng cách sử dụng hộp phân loại Xdrop DE20 mới. Hệ thống thân thiện với người dùng này được thiết kế để sử dụng với công cụ mới của chúng tôi, Xdrop Sort, không yêu cầu chuyên môn về máy phân loại huỳnh quang. Đơn giản chỉ cần tải thuốc thử và mẫu, đặt bộ dụng cụ vào Xdrop Sort và chạy chương trình phân loại.

Chạy đồng thời lên đến 8 mẫu phân loại hàng tỷ giọt mỗi ngày để đảm bảo quy trình làm việc không bị ô nhiễm

4, Hộp mực SE85 - được sử dụng để bọc DNA, RNA, bào quan hoặc tế bào nhỏ trong một giọt nhũ tương duy nhất

Sử dụng hộp mực Xdrop SE85 độc lập để tạo ra các giọt nhũ tương đơn để đóng gói hàng triệu phân tử, bào quan hoặc tế bào. Mỗi giọt hoạt động như một ngăn để xác định độ phân giải đơn phân tử hoặc đơn bào. Đơn giản chỉ cần tải thuốc thử và mẫu, đặt bộ dụng cụ vào Xdrop hoặc Xdrop Sort và chạy chương trình.

8 mẫu chạy đồng thời hoặc riêng lẻ

Sản xuất hơn 50.000 giọt trên mỗi đường bơi trong 40 giây đảm bảo quy trình làm việc không bị ô nhiễm

ứng dụng

Công nghệ microfluid độc quyền được sử dụng bởi Xdrop để tạo ra các giọt nhũ tương kép và nhũ tương đơn ổn định cao được sử dụng để đóng gói các vật liệu sinh học.

Công cụ linh hoạt và thân thiện với người dùng này đóng gói các thành phần của cuộc sống, chẳng hạn như các tế bào động vật có vú và vi sinh vật sống, hoặc các mảnh DNA dài cho một loạt các mục đích hạ nguồn, bao gồm ấp trứng, phân tích, phân loại và phân tích phổ phân tử.

Xdrop Sort dựa trên công nghệ microfluid độc quyền của Xdrop, bổ sung khả năng phân loại các giọt sữa đôi dựa trên huỳnh quang đóng gói vật liệu sinh học.

Dưới đây là một số ứng dụng đại diện.

Phân tích chức năng tế bào:

· Tế bào miễn dịch của cơ thể, tế bào NK

· Tiết enzyme của tế bào vi sinh vật

· Tế bào động vật có vú tiết ra cytokine

Ứng dụng Genomics:

· Thay đổi cấu trúc

· Các mẫu phức tạp (ví dụ như sinh thiết ung thư)

Các khu vực khó giải trình tự (ví dụ: giàu GC)

· Khoảng cách gen đóng

· Định pha di truyền/kiểu gen/kiểu đơn bội

· Liên kết gen kháng với vật chủ

· Giải trình tự các khu vực ít phong phú

· Đánh giá các khu vực lặp lại

· Các mẫu chỉ chứa DNA của Nack

Ứng dụng Plant Genomics:

· Làm phong phú thêm các vùng gen cụ thể trong các giống cây trồng

· Tiết lộ cấu trúc của các cụm gen sinh tổng hợp trong các giống lúa mạch không có bộ gen tham chiếu

· lấp đầy khoảng trống trong cấu trúc cụm gen sinh tổng hợp trong các giống cà chua

Ví dụ ứng dụng:

1Sự mở rộng chính xác của toàn bộ hệ gen

Trên thực tế, 99% bộ gen mục tiêu được bao phủ bởi việc đọc trình tự thư viện nhiều hơn một lần.

Sử dụng công nghệ Xdrop dMDA để khuếch đại gen, khuếch đại chính xác toàn bộ gen ngay cả khi đầu vào thấp đến 1 pg.

2- Giai đoạn gen

Allele CYP2D6*7 chứa 1 đa hình nucleotide đơn (SNP), trong khi CYP2D6*25A chứa 22 SNP.

Công nghệ Xdrop có thể xác định chính xác tất cả 23 biến thể, bao gồm cả Phasing.

Xdrop hỗ trợ các ứng dụng thông qua thiết kế đơn giản và thu thập trình tự gián tiếp của các đoạn DNA dài (~100 kb). Kết hợp với trình tự đọc dài, Xdrop khắc phục khó khăn trong việc xác định pha di truyền trong một mẫu không đồng nhất di truyền duy nhất.

Độ trung thực cao làm giàu có thể phát hiện một hoặc nhiều SNP trong alen và cho phép lắp ráp từ đầu để giải quyết những thay đổi cấu trúc.

3, Theo dõi những thay đổi cấu trúc phức tạp của gen

Phân tích chi tiết các bài đọc trên các điểm đứt cho thấy sự hiện diện của nhiều vị trí tích hợp HPV18 trong các khu vực trên nhiễm sắc thể 8. Các tập dữ liệu PacBio, Oxford Nanopore và Illumina hỗ trợ các vị trí hợp nhất được xác định.

Công nghệ Xdrop là một cách tiếp cận mới để làm giàu DNA nhắm mục tiêu, với unique là các mảnh DNA tự nhiên có thể được chọn, làm giàu và giải trình tự. Điều này cho phép làm giàu các phần lớn của bộ gen (khoảng 100kb), bao gồm các khu vực không xác định. Sử dụng Xdrop? Các đoạn dài do phương pháp tạo ra không chỉ phù hợp với trình tự đọc dài mà còn có thể cung cấp thông tin ngữ cảnh có giá trị cho trình tự đọc ngắn.

B5-03=giá trị thông số Ki, (cài 3)

PCR và phương pháp làm giàu DNA đích dựa trên đầu dò đòi hỏi tối ưu hóa thiết kế chuyên sâu và kiến thức đầy đủ về các khu vực quan tâm (ROI). Những phương pháp truyền thống này cũng thất bại trong việc mô tả các môi trường di truyền phức tạp (ví dụ: các khu vực lặp lại, biến thể cấu trúc, các khu vực giàu GC) và các khu vực chưa biết và sắp xếp lại. Để khắc phục những hạn chế này, Samplix đã phát triển một cách tiếp cận vi chất lỏng mới, quy trình làm giàu Xdrop dựa trên việc chụp chuỗi gián tiếp.

Xdrop có thể làm giàu các vùng DNA đích dài (~100 kb) yêu cầu thiết kế một cặp mồi duy nhất trên trình tự phát hiện, tương ứng với một phần nhỏ hoặc vùng sườn của ROI. Bộ khuếch đại này được thiết kế đặc biệt để phát hiện, lựa chọn và làm giàu ROI có độ dài đầy đủ, kết thúc bằng việc chụp và giải trình tự.

Sử dụng Xdrop? Khả năng của công nghệ để giải quyết các khu vực thách thức này mở ra cánh cửa để giải quyết nhiều khu vực thách thức khác có thể đại diện cho một tỷ lệ lớn của bộ gen. Kết hợp làm giàu Xdrop với các kỹ thuật giải trình tự đọc dài và đọc ngắn có thể cung cấp độ phân giải cao cần thiết để giải quyết các tình huống bộ gen phức tạp một cách nhanh chóng và tiết kiệm, bỏ qua việc giải trình tự bộ gen đầy đủ.

Xác định và xác nhận hoạt động chỉnh sửa gen CRISPR

Với thiết kế đơn giản và thu thập trình tự gián tiếp của các đoạn DNA dài, Xdrop giúp xác định các vị trí chèn GMO thường khó tìm và tốn kém.

Sự tích hợp ngẫu nhiên trong các cấu trúc và sự hiện diện của trình tự bộ gen của vật chủ làm phức tạp việc xác định vị trí tích hợp. Xdrop làm cho việc xác minh kỹ thuật gen dễ dàng và đơn giản.

Quy trình thử nghiệm

1, Thuốc thử dPCR trộn

DNA được thêm vào hỗn hợp phản ứng dPCR có chứa pri-mers mục tiêu cụ thể.

2. Sản xuất giọt trên chip

Phản ứng được phân phối trên chip tạo giọt để sản xuất giọt nước (DE).

3, phản ứng chuỗi polymerase nhỏ giọt có độ phân giải cao

Các giọt được lưu thông nhiệt để chạy hàng triệu hoạt động PCR-re song song. Bằng cách phát hiện các giọt huỳnh quang, các giọt mang các phân tử DNA mục tiêu có thể được xác định.

4, Đếm và tách giọt

Phát hiện và phân tách được thực hiện bằng cách sử dụng thiết bị phân loại tế bào (FACS), có thể thu thập các giọt PCR dương tính chứa các phân tử DNA đích.

5.Tăng cường DNA

Các phân tử đơn được làm giàu của các đoạn DNA dài được khuếch đại bằng cách khuếch đại đa dịch giọt (dMDA) để đảm bảo khuếch đại DNA không bị lệch và bao phủ đồng đều các khu vực mục tiêu.

Tài liệu tham khảo

1. Rối loạn gen trên toàn dân số trong biểu mô phổi chuột thông qua giao hàng AAV trung gian của các thành phần CRISPR-Cas9 Honglin Chen, Steffen Durinck, Hetal Patel, v.v.

Mol, ở đó. Phương pháp Clin. Dev. 2022. 27: 431–449; doi: 10.1016/j.omtm.2022.10.016.

2. Luật tự lỗ nano làm giàu mục tiêu và lắp ráp de novo tiết lộ sự xuất hiện đồng thời của sự sắp xếp lại gen phức tạp trên mục tiêu gây ra bởi CRISPR-Cas9 trong tế bào con người Keyi Geng, Lara G Merino, Linda Wedemann, v.v.

Genome Res. năm 2022. 32(10): 1876–1891; doi: 10.1101/gr.276901.122

3. Đặc điểm của sự mở rộng lặp đi lặp lại FMR1 và các biến thể nội sinh bằng chuỗi gián tiếp chụp Valentina Grosso, Luca Marcolungo, Simone Maestri, v.v.

Trước. Genet. 2021. 12: 743230; Doi: 10.3389/fgene.2021.743230

4. Sản xuất và phân tích các mô hình chuột SOD1, TARDBP (TDP-43) và FUS sáng tạo về nhân loại hóa gen Anny Devoy, Georgia Price, Francesca De Giorgio, v.v.

iScience. 2021. 24(12): 103463; Doi: 10.1016/j.isci.2021.103463

5. Xóa CRISPR / Cas9 gây ra tác dụng gen bất lợi trên mục tiêu dẫn đến DNA chức năng trong tế bào con người Keyi Geng, Lara Garcia Merino, Linda Wedemann, v.v.

bioRxiv 2021.07.01.450727;

6. Alt-RPL36 điều chỉnh đường dẫn tín hiệu PI3K-AKT-mTOR bằng cách tương tác với TMEM24 Xiongwen Cao, Alexandra Khitun, Yang Luo, v.v.

Nature Communications 12, 508, năm 2021. doi: 10.1038/s41467-020-20841-6

7. Xây dựng lại sự ra đời của một nhiễm sắc thể giới tính nam có mặt trong herring Đại Tây Dương Rafati N, Chen J, Herpin A, v.v.

Proc Natl Acad Sci Hoa Kỳ 29 tháng 9 năm 2020; 117(39):24359-24368. Doi: 10.1073/pnas.2009925117. Epub 2020 16 tháng 9. PMID: 32938798.

8. Xác minh chỉnh sửa CRISPR và tìm chèn chuyển gen bằng cách chụp trình tự gián tiếp Xdrop tiếp theo trình tự đọc ngắn và dài Blondal Thorarinn, Gamba Cristina, Jagd Lea M? eller, v.v.

Phương pháp. 2021 Tháng Bảy; 191:68-77. doi: 10.1016/j.ymeth.2021.02.003. Epub 2021 12 tháng 2. PMID: 33582298.

9. Xdrop: Chuỗi mục tiêu của các phân tử DNA dài từ các mẫu đầu vào thấp bằng cách sử dụng phân loại giọt Madsen EB, H? ijer I, Kvist T, v.v.

Tháng 9 năm 2020; 41(9):1671-1679. doi: 10.1002/humu.24063. Epub 2020 Tháng Sáu 29. PMID: 32516842; PMCID: PMC7496172.

10. Phân tích bộ gen toàn bộ dựa trên tế bào đọc dài của tế bào đơn của con người Joanna H? rd, Jeff E Khuôn, Jesper Eisfeldt, v.v.

2021bioRxiv 2021.04.13.439527;

11. Sửa đổi cho 'Sản xuất một tập hợp các dòng iPSC đồng dạng, chỉnh sửa gen cho tất cả các biến thể APOE chính và dòng knock-out APOE Schmid B, Prehn KR, Nimsanor N, v.v.

Phân tích tế bào gốc. 2020 Sep 21; 48:102005. doi: 10.1016/j.scr.2020.102005. Epub trước khi in. Erratum cho: Tế bào gốc Res. 2019 Jan; 34:101349. PMID: 32971461.

Liệu pháp tế bào, liệu pháp tế bào, tiêu diệt tế bào, liệu pháp miễn dịch, tế bào sát thủ, miễn dịch tế bào, tế bào động vật có vú, tế bào vi sinh, tế bào đơn, chức năng tế bào, giải trình tự gen, tế bào học, giải trình tự đơn bào, giải trình tự Sanger, NGS, PCR, T7 nucleic enzyme 1 phân tích phát hiện sai, theo dõi chèn TIDE, phân tích khuếch đại (IDA) phát hiện thiếu chèn, giải trình tự toàn bộ bộ gen WGS, CGH lai, Southern blot, Fiber-FISH、FISH、CRISPR/Cas

Giấy ủy quyền đại lý nhà sản xuất Samplix: