Phòng thí nghiệm vi sinh thường bao gồm ba khu vực là khu vực sạch sẽ, khu vực hoạt động và khu vực vô trùng, có thể được chia thành nhiều phòng như phòng chuẩn bị, phòng nuôi cấy, phòng nấm, phòng khử trùng, phòng vô trùng. Phòng thí nghiệm vi sinh dựa trên các lĩnh vực chuyên môn (bảo vệ môi trường, thực phẩm, dược phẩm, y học, v.v.) và tính chất (giảng dạy, sản xuất, nghiên cứu khoa học, thử nghiệm, v.v.), thành phần và quy mô của phòng thí nghiệm có sự khác biệt lớn.