Nguyên tắc tách của cột sắc ký khí dựa trên sự khác biệt trong hệ số phân phối của các chất khác nhau giữa pha khí (pha chảy) và pha cố định. Khi các thành phần hỗn hợp đi qua cột sắc ký với khí mang, các thành phần do khả năng phân phối khác nhau giữa hai pha, dẫn đến tốc độ di chuyển khác nhau và cuối cùng chảy ra cột sắc ký theo thứ tự, hoàn thành việc tách. Các thành phần có hệ số phân phối lớn có xu hướng ở lại trong pha cố định và di chuyển chậm; Các thành phần có hệ số phân phối nhỏ thì dễ di chuyển hơn với khí mang và tốc độ di chuyển nhanh. Sự khác biệt này là động lực cốt lõi của sự tách biệt.

Trong chiến lược lựa chọn pha cố định, cần xem xét toàn diện tính chất của mẫu, nhu cầu phân tích và đặc tính của cột sắc ký. Đầu tiên, theo phân tích mẫu phân cực của sự lựa chọn pha cố định, theo nguyên tắc "hòa tan pha tương tự", tức là, mẫu phân cực của sự lựa chọn pha cố định phân cực, mẫu không phân cực của sự lựa chọn pha cố định không phân cực. Thứ hai, xem xét kích thước và điểm sôi của chất phân tích, các phân tử lớn và các hợp chất có điểm sôi cao phù hợp với các cột khẩu độ lớn và các phân tử nhỏ và các hợp chất có điểm sôi thấp phù hợp với các cột khẩu độ nhỏ. Hơn nữa, chiều dài cột cũng là yếu tố quan trọng, chiều dài cột càng dài, hiệu quả tách càng tốt, nhưng thời gian phân tích cũng sẽ kéo dài, cần phải được lựa chọn theo mức độ phức tạp của mẫu và yêu cầu thử nghiệm.

Ngoài ra, cần chú ý đến sự ổn định của pha cố định và tình trạng mất cột. Giai đoạn cố định mất mát thấp thường trơ hơn với giới hạn nhiệt độ cao hơn và phù hợp với máy dò MS. Đồng thời, hãy cố gắng chọn pha cố định với cực ít nhất, vì tuổi thọ của nó thường tốt hơn pha cố định cực. Trong hoạt động thực tế, nếu lựa chọn pha cố định không chắc chắn, bạn có thể bắt đầu thử từ pha cố định thông thường như DB-1 hoặc DB-5 và điều chỉnh theo hiệu ứng tách.