Quan niệm sai lầm 1: Càng nhiều kênh thiết bị càng tốt

Với việc sử dụng trưởng thành của công nghệ PCR, khuếch đại đa năng ngày càng trở nên sống động hơn, và máy đo PCR định lượng huỳnh quang không thể tránh khỏi. Từ zui ban đầu ABI công ty giới thiệu một kênh huỳnh quang định lượng PCR phát triển đến ngày nay các nhà sản xuất khác nhau giới thiệu 4 kênh, 5 kênh hoặc thậm chí 6 kênh huỳnh quang định lượng PCR, sự lựa chọn chói mắt làm cho mọi người bối rối, một số người vô tình đi vào "càng nhiều kênh càng tốt" sai lầm.

Khi sử dụng máy đo huỳnh quang 5 kênh của một số nhà sản xuất, để đảm bảo tính chính xác và tính chính xác của kết quả thí nghiệm phải sử dụng ROX (một loại thuốc nhuộm huỳnh quang) hoặc Reference Dye trong thí nghiệm, các thuốc nhuộm huỳnh quang này phải sử dụng một kênh phát hiện riêng biệt. Như vậy, chỉ có bốn kênh hiệu quả thực sự có thể phát hiện nhiều tín hiệu huỳnh quang PCR, và việc sử dụng thuốc nhuộm hiệu chỉnh có thể làm tăng chi phí sử dụng sau này. Một số kênh phát hiện PCR định lượng huỳnh quang chỉ mở cho thuốc nhuộm huỳnh quang hoặc thuốc thử của nhà sản xuất riêng của họ, và các kênh phát hiện hiệu quả không phải là nhiều như tuyên bố trong tài liệu quảng cáo. Điều đặc biệt quan trọng là phải xác nhận kênh phát hiện hiệu quả của thiết bị PCR định lượng huỳnh quang trước khi mua và không thể chỉ nghe quảng cáo. Khi xem xét số lượng kênh PCR định lượng nhiều huỳnh quang cũng nên bắt đầu từ tình hình thực tế trong phòng thí nghiệm, nhiều PCR không phải dành cho tất cả mọi người, vì nó làm phức tạp các thí nghiệm.

Quan niệm sai lầm 2: Máy PCR thời gian thực không cần chức năng gradient

Đối với phản ứng PCR định lượng sử dụng phương pháp nhuộm, mặc dù có nhiều phần mềm thiết kế mồi PCR hoặc công thức thực nghiệm để tính toán nhiệt độ nóng chảy (giá trị Tm), nhưng công thức được sử dụng khác nhau, trình tự mồi khác nhau, giá trị Tm sẽ khác nhau rất nhiều. Nhiệt độ nóng chảy của mồi xác định nhiệt độ ủ. Hơn nữa, sự kết hợp của các cơ sở trong khuôn mẫu là thiên biến vạn hóa, đối với các mảnh đặc biệt, dữ liệu thu được từ công thức kinh nghiệm không nhất thiết có thể cho ra kết quả chính xác, sự khác biệt nhỏ về nhiệt độ ủ có thể có ảnh hưởng quyết định đến kết quả, vì vậy "sờ điều kiện" một lần là một vấn đề đau đầu. Sự xuất hiện của gradient PCR một phần giải quyết một số vấn đề - điều kiện kiểm soát nhiệt độ cho mỗi lỗ trong quá trình phản ứng có thể thay đổi trong phạm vi theo gradient, tùy thuộc vào kết quả, điều kiện phản ứng có thể được dò ra trong một bước.

Không chỉ nhiệt độ ủ, ngay cả nhiệt độ biến tính và nhiệt độ kéo dài cũng có thể được tối ưu hóa - điều này rất quan trọng đối với hầu hết các enzyme Taq có độ trung thực cao được khuếch đại bởi nhiều loại polymerase hỗn hợp như Invitrogen, Clontech, Promega, vì nhiệt độ phản ứng * của Taq và enzyme điều chỉnh có thể khác nhau đáng kể.

Việc sử dụng PCR định lượng huỳnh quang với chức năng gradient có thể hoàn thành quá trình tối ưu hóa mà nhiều thí nghiệm trước đây có thể hoàn thành cùng một lúc, đơn giản hóa các thí nghiệm tẻ nhạt tìm hiểu điều kiện phản ứng PCR, tiết kiệm cả thời gian thí nghiệm và chi phí thí nghiệm.