Việc sử dụng và bảo trì cột sắc ký chính xác là rất quan trọng, chỉ cần sơ ý một chút sẽ làm giảm hiệu quả cột, rút ngắn tuổi thọ và thậm chí hư hỏng. Trong quá trình thao tác sắc ký, cần lưu ý các đề mục sau đây để duy trì cột sắc ký.

① Tránh những thay đổi mạnh về áp suất và nhiệt độ và bất kỳ rung động cơ học nào. Sự thay đổi nhiệt độ đột ngột hoặc làm cho cột sắc ký rơi từ trên cao xuống đều ảnh hưởng đến tình trạng lấp đầy trong cột; Sự gia tăng hoặc giảm đột ngột của áp suất cột cũng sẽ thúc đẩy việc đóng gói cột, vì vậy khi điều chỉnh tốc độ dòng chảy nên được thực hiện từ từ, chuyển động của van không thể quá chậm khi van được lấy mẫu (như đã đề cập trước đó).

② Thành phần của dung môi nên được thay đổi dần dần, đặc biệt là trong sắc ký ngược, không nên thay đổi trực tiếp từ dung môi hữu cơ thành tất cả nước và ngược lại.

Thông thường, cột sắc phổ không thể đảo ngược, chỉ khi người sản xuất chỉ rõ cột này có thể đảo ngược, mới có thể đảo ngược tạp chất còn sót lại trên đầu cột. Nếu không sự đảo ngược sẽ nhanh chóng làm giảm hiệu quả của cột.

④ Chọn sử dụng pha hoạt động thích hợp (đặc biệt là pH) để tránh phá hủy pha cố định. Đôi khi một cột trước có thể được kết nối ở phía trước của bộ nạp mẫu, khi cột phân tích là silicone liên kết, cột trước là silicone, có thể làm cho pha hoạt động trước khi vào cột phân tích được "bão hòa" bởi silicone, tránh phân tích ma trận silicone trong cột được hòa tan.

⑤ Tránh tiêm trực tiếp các mẫu có chất nền phức tạp, đặc biệt là các mẫu sinh học, đòi hỏi phải xử lý trước mẫu hoặc kết nối một cột bảo vệ giữa bộ nạp mẫu và cột sắc ký. Cột bảo vệ thông thường là cột ngắn có tướng cố định tương tự. Các cột bảo vệ có thể và nên được thay thế thường xuyên.

⑥ Thường rửa các cột sắc ký bằng dung môi mạnh để loại bỏ các tạp chất được giữ trong cột. Trong quá trình làm sạch, việc thay thế pha hoạt động trong hệ thống đường đối lưu nên được chuyển đổi dần dần bằng dung môi hỗn hợp, thể tích của mỗi pha hoạt động nên gấp khoảng 20 lần thể tích cột, tức là phân tích thông thường cần 50~75ml.

Dưới đây là danh sách các dung môi làm sạch và trình tự của một số cột sắc ký để tham khảo: cột silicone được rửa sạch theo thứ tự orthane (hoặc heptane), dichloromethane và methanol, sau đó theo thứ tự ngược lại, tất cả các dung môi phải được khử nước nghiêm ngặt. Methanol rửa sạch các tạp chất phân cực mạnh còn lại, và alkyn đã kích hoạt lại bề mặt silicone. Cột ngược pha được rửa sạch lần lượt bằng nước, methanol, acetonitrile, monochloromethane (hoặc chloroform) và theo thứ tự ngược lại. Nếu giai đoạn hoạt động tiếp theo không có dung dịch đệm, bạn có thể bỏ qua bước rửa zui bằng nước. Monochloromethane rửa sạch các tạp chất không phân cực còn lại, và tiêm lặp đi lặp lại 100~200 μl tetrahydrofuran nhiều lần trong quá trình rửa methanol (acetonitrile) giúp loại bỏ các tạp chất kỵ nước mạnh. Dung dịch hỗn hợp tetrahydrofuran với acetonitrile hoặc methanol có thể loại bỏ chất béo. Dimethyl sulfoxide đôi khi cũng được tiêm nhiều lần. Ngoài ra, rửa sạch với gradient acetonil, acetone và axit trifluoroacetic (0,1%) có thể loại bỏ ô nhiễm protein.

Cột trao đổi cation có thể được rửa bằng dung dịch đệm axit loãng, cột trao đổi anion có thể được rửa bằng dung dịch đệm kiềm loãng, ngoại trừ để trao đổi muối có hiệu suất mạnh, sau đó rửa liên tục bằng nước, methanol, methane clorua (ngoại trừ chất hữu cơ hấp phụ trên bề mặt pha cố định), methanol, nước.

⑦ Khi bảo quản cột sắc ký, cột nên được phủ đầy acetonile hoặc methanol, khớp cột phải được thắt chặt để ngăn dung môi bay hơi khô. Nghiêm cấm để dung dịch đệm trong cột qua đêm hoặc lâu hơn.

⑧ Trong quá trình sử dụng cột sắc ký, nếu áp suất tăng, một khả năng là bộ lọc thiêu kết bị tắc, lúc này bộ lọc nên được thay thế hoặc loại bỏ để làm sạch; Một khả năng khác là các phân tử lớn xâm nhập vào cột, làm cho đầu cột bị ô nhiễm; Nếu hiệu ứng cột giảm hoặc biến dạng đỉnh sắc ký, có thể có sự sụp đổ của đầu cột và khối lượng chết tăng lên.

Khi hai trường hợp sau xảy ra, cẩn thận vặn mở khớp cột, sử dụng thép nhỏ sạch sẽ để loại bỏ chất độn cột ở chiều cao 1~2mm (chú ý đến việc loại bỏ chất độn bị ô nhiễm) và san bằng chất độn bên trong cột. Cột sắc ký sau đó được lấp đầy bằng pha cố định với dung môi ẩm thích hợp (giống như bên trong cột), san lấp mặt bằng trước khi thắt chặt khớp cột. Hiệu quả của cột sau khi xử lý như vậy được cải thiện, nhưng rất khó khôi phục lại mức độ của cột mới.