Đối với một số lượng lớn các mẫu ma trận phức tạp, sắc ký ion có thể áp dụng phương pháp thích hợp, thông qua tiền xử lý sau đó lại sử dụng sắc ký ion để phân tích, để một mặt có thể giải quyết ô nhiễm ma trận phức tạp của mẫu đối với cột sắc ký ion, mặt khác cũng có thể cải thiện đáng kể kết quả đo mẫu ma trận phức tạp và độ chính xác, cải thiện độ nhạy của phương pháp phân tích.