Chất bổ sung cho cột sắc ký khác nhau, phương pháp bảo quản cũng khác nhau. Nói chung, hầu hết các cột tách anion được bảo quản trong điều kiện kiềm và cột tách cation được bảo quản trong điều kiện axit. Khi cần bảo quản trong một thời gian dài (hơn 30 ngày), trước tiên bơm dung dịch bảo quản vào cột theo yêu cầu, sau đó lấy cột ra khỏi dụng cụ, sử dụng khớp không lỗ để bịt kín cả hai đầu cột và đặt ở nhiệt độ thấp để bảo quản. Thời gian ngắn không dùng, mỗi tuần nên khởi động máy ít nhất một lần, để dụng cụ vận hành 1 - 2 giờ.